Velkoadmirál Thrawn, podporovaný zbytky imperiální flotily, neustále oslabuje Novou republiku sérií ničivých útoků. Jeho síla spočívá v armádě klonovaných vojáků, které získal díky technologii objevené v tajné pevnosti císaře. S blížícím se rozhodujícím tažením se Han Solo a Chewbacca snaží sjednotit pašeráky do aliance, která by se mohla pokusit o poslední zoufalý útok proti Impériu. Leia, těhotná s jediskými dvojčaty, se mezitím zoufale snaží udržet Novou republiku pohromadě. Republikové síly, čelící drtivé přesile, vkládají poslední naději do malé jednotky vedené Lukem Skywalkerem. Ta má proniknout do pevnosti, kde se nacházejí Thrawnovy klonovací stroje. V pevnosti je však čeká Temný Jedi C'baoth, který vede boj proti povstalcům a připravuje se na závěrečný úkol – zničit Luka Skywalkera.