I když formálně skončila válka se Syndiky, Alianci nečeká klid – mír je pro současnou generaci vzpomínkou. Přestože centrální syndická vláda podepsala mírovou smlouvu, její autorita se rozpadá a jednotlivé systémy se od Syndikátu odtrhávají, aby si určily vlastní cestu. Hrozí tak brzký nástup chaosu a nových konfliktů. K tomu všemu se za bývalými syndickými hranicemi skrývá neznámá, inteligentní rasa, která mohla být původní příčinou války. Alianční vláda proto pověřila hrdinu Gearyho vedením nově sestavené První alianční flotily, aby toto území prozkoumal. Gearyho úkol se zdá logický, ale s ohledem na stav lodí, sabotáže ze strany politiků i armády a potenciální nebezpečí v neznámých oblastech, se mise začíná jevit jako riskantní a možná i beznadějná.