Málokdo o něm ví, ale když jde o život milionů Američanů, speciální agent Sam Fisher ze Třetího oddělení je poslední naděje. Přijímá úkoly, které jsou příliš tajné a nebezpečné i pro CIA a FBI, a pracuje vždy sám. Z cvičné mise je náhle povolán, aby zastavil nákladní loď s radioaktivním materiálem, která míří k americkým břehům. Zastavit ji musí během několika minut, jinak selhání bude mít fatální následky. Současně s tímto závodem s časem dojde k dalšímu útoku. V malém městě v Novém Mexiku začínají lidé umírat na otravu zářením a Fisher postupně odhaluje, že za vším stojí geniální mozek jednoho z nejnebezpečnějších nepřátel svobodného světa. Taková je realita práce agenta, který se spoléhá jen sám na sebe. Taková je podstata Splinter Cell.