Příběh se odehrává v době vlády Marie Stuartovny, konkrétně okolo roku 1550, v období počátků skotské reformace. Děj se točí kolem kláštera v Kennaquiharu, který je zřejmě inspirován opatstvím Melrose u řeky Tweed. Klášter je v ohrožení a příběh sleduje osudy rodiny Glendinningových, jejíž synové Eduard a Halbert se zamilují do Marie Avenelové. Eduard se nakonec rozhodne pro klášterní život, zatímco Halbert se po návratu ze služby u hraběte Murraye s Marií ožení. Kniha Klášter spolu s knihou Opat tvoří cyklus "Benediktinské příběhy". Ačkoli zápletky obou knih jsou nezávislé, spojuje je rodina Avenelů a klášterní prostředí, což se odráží i v názvech.