Devítiletý Bruno, vyrůstající v Německu, nic netuší o hrůzách války ani o osudu Židů. Nezná utrpení, které jeho země způsobila milionům lidí. Ví jen, že jeho spokojený život v Berlíně náhle skončil a on se s rodinou přestěhoval do pustého, neútulného domu obklopeného plotem. Zde se nudí a nemůže se spřátelit. Změní se, když potká vrstevníka Šmuela, který žije podobně osamělý život, ale za vysokým plotem. Stejně jako ostatní, i Šmuelem nosí pruhované pyžamo. Brunova zvědavost ho vede k přátelství se Šmuelem a touze zjistit, co se skrývá za plotem. Nakonec se sám oblékne do pruhovaného pyžama a vstoupí dovnitř, aniž by tušil, jak strašlivé tajemství tím odhalí. Čtenář sleduje Brunův zmatek a postupnou ztrátu nevinnosti, když se z pohodlného městského života ocitá v krajině plné utrpení.