Svazek Z bojů o náboženství a texty z let 1904 – 1906 shrnuje Masarykovy projevy publicistické, odborné či populárně-naučné povahy, otištěné v daném období zejména v měsíčníku Naše doba a deníku/týdeníku Čas, ojediněle i jinde, od listopadu 1904 např. také v Zeitschrift für Sozialwissenschaft, od ledna 1905 potom v Österreichische Rundschau. Vedle soustavných úvah o problematice národnosti, výkladů ruské minulosti i přítomnosti a aktuálních otázek české i rakouské politiky Masaryk v tomto období vehementně vstupoval do debat i polemik na poli církevního, náboženského života.
Další svazek Spisů TGM shrnuje Masarykovy texty z let 1886–1888, z období, ve kterém probíhal zásadní spor o pravost Rukopisů královédvorského a zelenohorského. Svazek obsahuje nejen texty spojené s tzv. rukopisnou otázkou, ale veškeré tištěné práce z tohoto období: studie, stati, literární a politické kritiky, recenze vědeckých prací literárních a výtvarných děl, ale také listárny, komentáře či krátká oznámení vztahující se k praktickým otázkám vydavatelským.
V 18. svazku Spisů T. G. Masaryka jsou otištěny Masarykovy práce z let 1883–1885. Většina je právě z vědeckého časopisu Athenaeum, který v roce 1883 Masaryk založil. Otištěné texty a oddíl Dubia umožňují udělat si představu o činnosti časopisu jako celku, o jeho kritickém a polemickém vystupování.
Kritické komentované vydání Masarykova vědeckého díla, které si klade základní noetické otázky, aktuální po více než 100 letech. Spisy TGM sv. 2, editor Jiří Olšovský a Jindřich Srovnal.