Černá vlajka je úvodní díl trilogie o korzáru Martenovi. Vypráví o životě piráta Jana Kuny, který s posádkou a rychlou lodí Zefýr úspěšně vyplenil mnoho pokladů. Jeho odvaha a schopnosti si vysloužily pozornost anglické královny, která z něj učinila korzára – piráta s královskou ochranou. S tímto postavením přišla i nová identita, jméno Marten, odvozené od jeho původního příjmení Kuna. Na jeho lodi se poté vznášela černá vlajka se zlatou kunou.
V prvním díle se Jan s družinou, včetně francouzského rytíře Belmonta, vydává do tropů pro španělské zlato. Zde objeví zemi indiánů Nahua a naváže s nimi obchod: Martenovi muži si u nich vybudují sklady pro své bohatství výměnou za užitečné nástroje. Jan se v této zemi setkává s Inikou, krásnou dcerou náčelníka, a zamiluje se do ní. Postupně se začne více zajímat o osud země Nahua než o získané poklady, což vyvolává nespokojenost mezi jeho piráty. Situaci komplikuje příchod španělských karavel, které touží po pomstě za potopené lodě. Kniha je obohacena o historické detaily, které činí příběh ještě poutavějším.