Dům zelených přízraků je Běhounkův první román čistě sci-fi žánru. Poprvé vyšel v roce 1947 pod názvem Případ profesora Hrona a v roce 1968 se objevil v mírně upravené verzi. Běhounek v něm navazuje na vernovskou tradici Vynálezu zkázy a varuje před nebezpečím, které hrozí z nekritického využívání technických inovací, a to na příkladu vědce posedlého svým vynálezem. Vzniku románu bezesporu předcházela diskuse o prvním použití atomové bomby. Dům zelených přízraků byl napsán pro dospělé čtenáře a je považován za Běhounkovo nejvýznamnější dílo.
Román Akce L, vydaný v roce 1956, představuje kontrast k Lemovým Astronautům a byl po dlouhé době první českou sci-fi. Autor v něm projevuje důvěru ve všemocnost techniky a věří, že dokáže vyřešit všechny lidské problémy. Je také jedním z prvních sci-fi románů na světě, který se zabývá tématem „terraformingu“ – tedy přeměny mimozemských těles na planety s pozemskými podmínkami pro život. Stejně jako Lem i Běhounek varuje před zneužitím techniky k válečným účelům, přičemž jako varovný příklad uvádí zkázu marťanské civilizace, která se zničila vlastními silami.