Série Assassin's Creed se proslavila návštěvami různých historických epoch. Tentokrát se hra posouvá do tak vzdálené minulosti, že Ubisoft použil přídavné jméno Origins, aby naznačil, že se odehrává v době před vznikem asasínů a templářů. Hra se odehrává v Egyptě roku 70 př. n. l., kde se objeví nemilosrdný zabiják s úkolem zlikvidovat poslední členy starověkého řádu Medžajů a vymazat jejich pokrevní linii. Bayek, ochránce mírumilovné Síwy, je nečekaně odvolán a zanechává po sobě svého syna. Bayek, plný otázek a touhy po smyslu života, se vydává na cestu Egyptem, kde čelí nebezpečím a odhaluje tajemství Medžajů.