Šestnácté století přináší nový boj. Templáři, i přes zdánlivou porážku a v čele s rodem Borgiů, stále usilují o návrat k moci. Jejich naděje spočívá v tajemné knihovně, kterou kdysi v syrské pevnosti Masyaf zapečetil asasínský Strážce Altair Ibn-La’Ahad. Templáři se knihovny zmocnili a chtějí odhalit Altairův odkaz. K tomu potřebují získat několik knih, které před lety Niccolo Polo ukryl v různých částech Konstantinopole. Stárnoucí asasín Ezio Auditore cítí blížící se konec, ale ví, že jeho poslání ještě neskončilo. Proto se vydává do Byzance, aby odhalil tajemství, které by mohlo změnit jeho pohled na svět i rovnováhu sil mezi asasíny a templáři. Zda se mu to podaří, zůstává otázkou.