Teorie, které zpochybňují oficiální verzi útoku na Pentagon, se rozcházejí s tím, co uvádí oficiální vyšetřování. To zahrnuje zprávy Komise pro vyšetřování událostí 11. září, agentury FEMA a NIST, a další studie, které s těmito zprávami souhlasí v zásadních bodech.