Tajemství neviditelného srubu navazuje na příběh Ostrova Uctívačů ginga a sleduje nová dobrodružství skupiny chlapců, kteří se inspirují legendami Rychlých šípů. Během prázdnin se známá trojice pouští do studia staré kroniky Uctívačů ginga a vydává se hledat stopy po jejich dávných cestách, možná i ztraceného pokladu. Při luštění map, objevování záhadných indicií a rozhovorech se starousedlíky se postupně blíží k nečekanému odhalení. Paralelně s jejich pátráním se vyvíjí osud záhadného muže, který ztroskotal u odlehlého kláštera, a oba příběhy se nakonec nečekaně protnou.