Velitelka Impéria Ysanne Isard ukradla zásoby bacty, což ohrožuje stabilitu Nové republiky. Jediná naděje na zmaření jejích plánů spočívá v eskadře Rogue. Zatímco Aliance útočí na Isardiný režim, ona se zmocní planety Thyferra a chce bactu využít k destabilizaci a zničení Nové republiky. Eskadra Rogue, bez pomoci Aliance a s omezenými zdroji, musí porazit Isardinu flotilu a Thyferru osvobodit. Když je odhalena jejich tajná základna, musí piloti eskadry Rogue bojovat o přežití proti drtivé přesile Isardiných vojsk.