Čtrnáctiletý Will žije v Londýně se svou rodinou a sdílí s otcem nadšení pro archeologii a objevování podzemního světa. Když otec zmizí během průzkumu londýnských tunelů, vydává se ho Will s kamarádem Chesterem hledat. Ve sklepě domu objeví tajnou chodbu a brzy se ocitnou hluboko pod zemí, kde se skrývá temné tajemství. Pod povrchem existuje utajený svět, kde lidé žijí pod krutou nadvládou. Will a Chester jsou zatčeni a uvězněni, hrozí jim vyhoštění do Hlubin, odkud se nikdo nikdy nevrátil. Podaří se jim uniknout zpět na Povrch? Jaká další tajemství se skrývají v Podzemí?
Will Burrows, albín s neobvyklou světlostí vlasů, žije se svou rodinou – otcem, matkou a sestrou Rebecou. Matka tráví čas u televize a péči o domácnost přebírá dvanáctiletá Rebecca. Willův jediný přítel, Chester, trpí vyrážkou po celém těle a tvoří s Willem zvláštní dvojici. Willův otec, ředitel malého muzea, sdílí s Willem vášeň pro archeologické výkopy. Společně prohledávají odlehlá místa v Londýně.
Jednoho dne obdrží doktor Burrows balíček se zvláštní koulí, která září tím silněji, čím méně je světla. I když je zvyklý na podivné dary do muzea, tato koule ho zaujme, protože se zabývá historií podzemí. Okolo něj začínají mizet lidé, sledují ho muži v černých brýlích a objevují tunely a šachty, které nemají na mapách. Will a Chester také narazí na zvláštní chodbu, která se záhadně zasype. Po hádce rodičů Willův otec náhle zmizí.
Will se s Chesterem rozhodne otce najít. Ve sklepě objeví tajnou chodbu, kterou také někdo zasypal. Po opětovném vykopání se dostanou do podzemí, kde je sledují záhadní muži v černých pláštích. Po týdnu kopání se dostanou do jeskyně a vydávají se na cestu. Ocitnou se v utajeném světě, kde jsou zatčeni a uvězněni. Hrozí jim vyhoštění do Hlubin. Lidé zde žijí ve strachu, jako by se ocitli v 19. století.
Will je odveden k výslechu, kde se vládnoucí rasa Styxů snaží zjistit vše, co ví o Podzemí. Mezitím se muži v černém pokoušejí unést Willovu matku, ale ta se brání. Když Rebecca zjistí, že se Will ztratil, volá policii. Matka odchází na léčení a Rebecca je poslána k tetě, což ji vůbec netěší.
V podzemí Willovi sdělí, že ho odváží domů. Dozvídá se neuvěřitelnou pravdu: jmenuje se Seth, jeho matka žila pod zemí a uprchla s ním na povrch, má bratra Caleba a otce Jeroma, který ho nenávidí. Je odvážen do Kolonie, kde se setkává s babičkou a strýcem Tamem, který si ho okamžitě získá. Will zjistí, že Tam je součástí odboje proti Styxům a je sledován jejich policií.
Will se trápí osudem Chestra, na jeho otázky mu nikdo jasně neodpoví. Zjišťuje, že život v podzemí je řízen krutovládou Styxů a každý, kdo se vzepře, je vyhoštěn do Hlubin. Musí pracovat, aby si zajistil jídlo. Seznamuje se s životem v podzemí, s obchodními vztahy s Londýnem, ale nevzdává se naděje na útěk. Dozvídá se, že jeho otec byl v kolonii, ale dobrovolně se nechal poslat do Hlubin.
K útěku a záchraně Chestra mu pomáhá strýc Tam, který mu dá mapu, potraviny a rady. Plán útěku se změní, podaří se mu osvobodit Chestra, ale Caleb je tajně sledoval a chce jít s nimi. Někdo je zradil Styxům – Rebecca, dcera Styxů, která byla vyslána Willa sledovat.
Willovi se podaří uprchnout s Calem, projdou Labyrintem a Věčným městem, uniknou hlídkám Styxů a dostanou se odtokovým kanálem do Londýna. Caleb je otřesen světem na povrchu. Will se nakazí nemocí z podzemí a skončí s Calem u tety Jean, která se o ně postará.
Chester je v podzemí uvězněn a tentokrát je za útěk potrestán vyhoštěním do Hlubin. Will se nevzdává a s Calem se vrací do podzemí. Ve Věčném městě na ně čekají Styxové. Po honičce je zachrání strýc Tam a Imago, ale Tam je raněn a obětuje se, aby ostatní mohli utéct. Imago je dovede do jeskyně, kde se skrývají.
Mezitím je Chester vyhoštěn do Hlubin. Imago navrhuje vydat se do Hlubin a najít cestu na povrch. Dostanou se do vlaku, ve kterém jede i Chester. Will a Chester se setkávají a jedou společně do samotného srdce Země…