Bývalý agent speciální jednotky FOXHOUND, Solid Snake, je znovu povolán do služby, aby zabránil globální katastrofě. Skupina zrádců z FOXHOUNDu obsadila zařízení na Aljašce, Shadow Moses, které slouží k likvidaci jaderných zbraní. Snake musí překonat komanda s vymytým mozkem, vojáky s geneticky vylepšenými schopnostmi a šest elitních zabijáků s nadlidskými dovednostmi, aby misi úspěšně dokončil. Přestože jsou šance na zamezení jaderné katastrofě malé, realita může být složitější, než se zdá.