Příběh začíná zásadní změnou v Harryho dětství: Harry Potter není vychováván Dursleyovými, ale je adoptován oxfordským profesorem biologie Michaelem Verresem-Evansem a jeho ženou Petunií. Díky tomuto racionálnímu a vědeckému prostředí se Harry vyvíjí v extrémně inteligentního, zvídavého a skeptického chlapce, který se snaží vše kolem sebe pochopit pomocí vědecké metody a logiky.
Když v jedenácti letech obdrží dopis z Bradavic, nevnímá ho jako splněný sen o kouzlech, ale jako příležitost prozkoumat novou, neznámou oblast fyziky. V Bradavicích se Harry, vyzbrojený poznatky z psychologie, ekonomie a vědeckého myšlení, snaží aplikovat racionální přístup na svět plný magie, předsudků a tajemství.
Kniha si klade za cíl prozkoumat, jak by vypadal kouzelnický svět, kdyby jeho postavy jednaly racionálněji, a zároveň slouží jako nástroj k výuce principů kritického myšlení, kognitivních zkreslení a vědecké metody. Harry se setkává se známými postavami jako Hermiona a Draco, ale jejich interakce a vývoj příběhu se ubírají zcela odlišnými, často překvapivými směry, přičemž Harryho hlavním cílem je porazit smrt a "Pána zla" nikoli silou magie, ale silou rozumu.