Příběh se odvíjí od zásadní odchylky od známého Harryho života: namísto života s Dursleyovými vyrůstá v péči oxfordského profesora biologie Michaela Verrese-Evanse a jeho manželky Petunie. V tomto prostředí, založeném na rozumu a vědě, se Harry stává mimořádně inteligentním, zvídavým a skeptickým chlapcem, který se snaží pochopit svět kolem sebe pomocí logiky a vědeckých metod.
Když mu v jedenácti letech přijde dopis z Bradavic, nevnímá ho jako splnění kouzelnických snů, ale jako možnost prozkoumat novou a neznámou oblast fyziky. Ve světě magie se Harry, vybavený znalostmi z psychologie, ekonomie a vědeckého myšlení, snaží aplikovat racionální přístup na svět plný předsudků a tajemství.
Kniha zkoumá, jak by kouzelnický svět vypadal, kdyby se jeho obyvatelé chovali racionálněji, a zároveň slouží jako učební pomůcka pro principy kritického myšlení, kognitivní zkreslení a vědecké metody. Harry se setkává s Hermionou a Dracem, ale jejich vztahy a vývoj příběhu se ubírají nečekanými cestami. Harryho cílem není porazit smrt a Voldemorta silou magie, ale silou rozumu.