Program SPARŤAN II je nyní známý veřejnosti. Vypráví se legendy o supervojácích, kteří ubránili Zemi před útoky tisíců bojovníků Smečky. Ale kolik Sparťanů ještě přežívá? Zatímco Náčelník brání obklíčenou Zemi a různé frakce Smečky se snaží lidstvo zničit, tajná jednotka z Úřadu zpravodajské služby námořnictva, nazývaná „Sekce tři“, vypracuje plán, který by mohl UNSC získat čas. K jeho provedení bude zapotřebí stovky vojáků a jeden Sparťan. Ideálním místem pro spuštění projektu je opuštěná planeta Onyx. Jenže ve chvíli, kdy Náčelník zničí Halo, se na Onyxu probudí prastará technologie Předchůdců. Flotily UNSC a Smečky se pak pustí do závodu o její získání, který může rozhodnout o osudu války. Tato mocná a dávno zapomenutá síla však možná sleduje vlastní cíle.