Střet Batmana s želvami nindža byl sice divoký, ale nakonec se sjednotili a společně zvítězili nad hrozivými nepřáteli z obou jejich světů. Klid však netrval dlouho. Želvy se ocitly v nebezpečí ze strany Klanu Noha a Batman s Robinem řeší chaos způsobený útěkem z Arkhamu, který zorganizoval Bane. Situace se ještě zhorší, když se Bane dostane do světa želv a s pomocí Rocksteadyho a Bebopa ho začne ovládat.