Před tisíci lety byla Atlantida mocnou a rozvinutou civilizací. Když se však její král pokusil využít její sílu k ovládnutí světa, postihla ji strašlivá katastrofa a město navždy zmizelo. V roce 1914 snil kartograf a lingvista Milo Thatch v muzeu o objevení Atlantidy, sen, který kdysi pronásledoval i jeho dědečka. Ten objevil deník s popisem cesty do ztraceného města. Milo se pokoušel přesvědčit vedení muzea o nutnosti expedice, ale setkal se s odmítnutím. Jeho naděje se obnovily, když se objevil excentrický miliardář Preston Whitmore, starý přítel Milova dědečka, který se rozhodl splnit jeho sen. Whitmore vyhledal Mila, předal mu záhadný deník a zajistil finanční prostředky na výpravu. Cesta se zdála slibná, protože Milo byl jediný, kdo dokázal rozluštit jazyk Atlantiďanů. Postupně se však ukázalo, že motivace podivné posádky pod vedením kapitána Rourka není čistě vědecká. Po boji s mořským monstrem a dalších podmořských dobrodružstvích se skupina skutečně dostala do Atlantidy. A objevili něco nečekaného – Atlantida stále žije!