Román Evangelium podle Piláta je rozdělen do dvou částí. V první části, nazvané Zpověď odsouzence na smrt, vypráví Ježíš (v románu Ješua) o svém životě a zázracích, přičemž se cítí jako loutka v cizích rukou. Druhá část má podobu dopisů Piláta Pontia jeho bratru Titovi v Římě. V těchto dopisech Pilát popisuje Ješuu jako neúspěšného truhláře a Žida, který se stýkal s pochybnými lidmi a nedůvěřoval svému příbuznému Jóchánánovi. Po lyrické první části nabývá román téměř detektivní charakter. Pilát a tetrarcha Herodes jsou znepokojeni zmizením Ješuova těla po ukřižování a šířením zpráv o jeho zjeveních.