Praha okamžitě uchvátila doktora Jana Jessenia. Zde, u císařského dvora, našel přátele a získal povolení k veřejné pitvě od samotného Rudolfa II., který ho zároveň přijal jako svého osobního lékaře. Jessenius dosáhl všeho, po čem toužil – uznání, postavení a vliv. Jeho soukromý život však nebyl tak bezproblémový. Marie se od něj postupně odcizovala, protože ho považovala za muže, který ztratil své ideály, a teprve později si uvědomila, jak hluboce se v něm mýlila. Jessenius se totiž aktivně postavil na stranu českých stavů a s odhodláním bojoval za náboženskou svobodu, a to i za cenu vlastního života.